Vyšetření MR trvá 15-30 min. Délka zavisí na vyšetřované oblasti a podání kontrastní látky. Magnetická rezonance nedělá dobře lidem s klaustrofobií (lze podat uklidňovací léky). Pokud máte zubní výplně a korunky, můžete cítit nepříjemné svědění. Vlivem silného magnetického pole se občas vyskytují závratě, žaludeční nevolnost a zvýšený tep. Magnetická rezonance je hlučná, jelikož se zapínají a vypínají cívky, které vytvářejí magnetické pole a to způsobuje hluk, který připomíná údery kladivem. Při vyšetření můžete dostat sluchátka.

Současně máte v ruce balónek, kterým můžete upozornit obsluhující personál, pokud chcete vyšetření přerušit. Po stisknutí balonku je vyšetření zastaveno a další vyšetření se musí opakovat od počátku.

Pacient je požádán, aby se při vyšetření v klidu ležel, nehýbal se a volně pravidelně dýchal. Pouze při vyšetření břicha bude personálem vyzván, aby zadržel na cca 20 sec. dech.